Такс....
1. о перекодировании
mencoder умеет перекодировать в avi ВСЕ, что умеет показывать mplayer (те, ВСЕ)

(mplayer каторый идет вместе с mencoder, co скаченой пачкой кодеков)
2. eMovix - правда круто а?

(для тех кто не вкурсе - писать кампакты каторые можно на комне смотреть без ОС, весьма кашерно) - а то юзали в свое время QV (кстати QV - ето mplayer той-же фирмы, просто переименованый)
3. откуда скорость? очень просто, слова SSE,SSE2,3Dnow,MMX вам о чем то говорят? AutoGk например пользует тока mmx расширения, хотя и так ясно что за щет использования SSE,SSE2 - прирост 20%,
да и самые популярные OpenSource кодеки mencoder пересобирает (с RunTime Cpu Detection) - оптимизация на лицо
4. тамака была отдельная статья в документации по encode видио
и еще НЕУЖЕЛИ вы думаете, что кто-то читает ВСЮ документацию?), все что надо - посмотреть примеры и посмотреть в документации тока те опции каторые использовались в ро
5. каждому свое - но чтобы сравнивать нужно попробывать и то и другое
кстати Google по запросу mencoder выдает в 1.5 раз больше результатов mencoder, чем AutoGk - значит mencoder таки популярнее.... (VirtualDub канечно ЕЩЕ больше - но на ето паделие лучше не смотреть)