Из личных наблюдений:
- Что NTFS практически неубиваема - миф. Достаточно одного поврежденного сектора на нужном файле в разделе,где стоит
винда и винда умерла. Да и на других, не загрузочных NTFSных разделах, если иметь очень хорошие ручки можно получить
такое !!!

(как в анекдоте: Что, у тебя Windows не глючит ?! - Так у тебя руки кривые !) Убить можно все.
- Восстановить с NTFS раздела удаленную оттуда информацию достаточно трудно, что естественно - эта файловая система изначально создавалась в расчете на то, чтобы это трудно было сделать. Кто не верит - грохните у себя какой NTFS раздел
с файлами и попытайтесь все там восстановить - много чего недостчитаетесь. У меня такое уже было, сидел ждал целый
день, а восстановилось с гулькин ... нос. Зато FAT32 восстановился полностью, хотя того, ради чего это делалось там не
было и быть не могло. Чуть тогда веник о стену не шарахнул - 10 часов дожидался

- На FAT32 разместить файлы больше чем 4 с чем-то гигабайт обычными способами нельзя. Кто не верит сделайте себе
раздел FAT32 и попытайтесь чем-нибудь (хоть тем же Total командером) скопировать туда файл гигов 5. В результате
получите сообщение, что на диске нет свободного места, хотя места там вагон.
- FAT32, конечно, вчерашний день, но попробуйте на старом компе (где-то PII-400 128 RAM) поставить W2000 и сделать основной раздел NTFS. Результатом станут жуткие тормоза. То же самое, но с FAT32 - компьютер работает почти в 2 раза быстрее. (лучше вообще сделать для виндв FAT16

2х гиговый). Однако и завалить такую винду будет не в пример
легче. Результат надежности NTFS - бо'льшие требование к железу, правда на новых тачках этих потерь в скорости мы
практически не замечаем.
- Ну и немаловажное преимущество FAT32 в том, что до нее добрать легче всего, хоть из ДОСа, хоть из винды, хоть откуда угодно. Прада и к NTFS разделам можно легко получить доступ, использую программы типа WinXP-PE или похожие.
Так что, ИМХО, смотря для чего что нужно - то и нужно и устанавливать, а спорить что лучше ...