1. Аквапарк WaterCity - пока непонятно как дешевле и удобнее экскурсией или на машине.
Гугл пишет, что приблизительно одно и то же получается по цене.
(Ну и вы, наверное, в курсе, что если оформить билет в аквапарк онлайн, то получите 10% скидку).
2. Ретимно - Аргируполи - Озеро Курнас - Георгиуполи (обед+пляж) – Ханья - Ретимно
Хотелось бы покушать в Аргиуполли. Можно ограничиться вторым завтраком или все таки стоит приехать на обед?
Некоторые блюда в Аргируполи готовят к обеду либо ужину, и раньше вы не сможете попробовать (например, "антикристо" готовят часов 5), поэтому смотря что хотите покушать. На Ханью я бы выделила целый день, ну или хотя бы на пару с Фаласарной, как вы и думали.
Остальное зависит от того, как вы планируете день (подъем - сон). Лично я бы покупалась-позагорала, а уже потом уставшая и голодная отправилась бы в Аргируполи и покушала там.
3. Грамувса Балос - Фаласарна (ужин в таверне Спилиос )
Поедем до Кисамоса на машине и в Грамувсу на кораблики.
Не уверена на счет Фаласарны в этом маршруте. Не поздно ли будет с учетом, что кораблик приплывает примерно в 17.45, а нам еще возвращаться в Ретимно. Может лучше отдельным днем поехать и добавить в маршрут Ханью?
В принципе не поздно, если не слишком засиживаться за ужином (дабы не ехать в темноте по Криту). Но, во-первых, вы можете устать за весь день и уже не очень захочется в Фаласарну, а во-вторых, см. предыдущий пункт.
4. Ретимно - Пещера Сфедони – Аногия – Пещера Мелидони – Панормо
Тут так и не поняла какая последовательность удобнее, потому что в гугл мепс не находит эти пещеры. Не знаю какой правильный адрес писать
Гугл в помощь

GPS-координаты лучше писать.
Этот маршрут можно посмотреть
здесь(A=F=Ретимно, B=пещера Сфендони, С=Аногия, D= пещера Мелидони, E=Панормо):
5. Ретимно -Плакиас - Бухта Превели ( на корабле) - Плакиас - Ретимно
Вы на машине планируете этот маршрут? Зачем в таком случае кораблик? Будете ведь ко времени очень привязаны, неудобно.
Следующий маршрут у меня под большим сомнением. Когда выбирала место для отдыха мне очень понравился городок Агиос Николас. Мы даже выбирали между ним и Ретимно, но потом все же отдали предпочтение Ретимно. Но АН все таки по фото и описанием мне очень мил. И, наверное, хотелось бы его посетить. Но ехать придется немало и есть ли в этом смысл? Или можно это же взять в западной части, которая нам ближе?
По моим подсчетам на дорогу туда и обратно у нас уйдет часов шесть. И на ночевку оставаться не хотелось бы. Точнее хотелось бы, но это опять затраты.
Если маршрут будет, то будет таким
6. Ретимно - Элунда - Агиос Николас - Ретимно
Мне сложно по этому поводу что-то сказать, т.к. ни в Элунде, ни в Агиос Николаос я не была.
Но поскольку вас интересуют пляжи, может, лучше на Элафониси съездить? Гугл утверждает, что это 130 км и 2 ч в дороге против вашего маршрута в 150км и 2,5ч в дороге.
А, может, вам интересны будут пещеры Маталы (облюбованные в свое время хиппи), и в 500 м от деревни красный пляж (любимый нудистами)? (Кстати, я очень хотела попасть в Маталу, но не сложилось). Дорога 80км и 1,5ч пути.