В прошлом году у меня была практика в Кракове, жили в гостинице/хостеле Brama, в самом центре Кракова, уютные комнатки, завтрак входит в стоимость (шведский стол: салатики,сосиски, джемики,сыр и т.д., легкий завтрак короче),комната по цене не дорого (30-40 зл вроде, точно не скажу-платили не мы).
Вообще любой отель можно заказать через букинг ком (в этом году попробовали услуги сайта на себе, сняли жилье в Гдыне и неплохо отдохнули). А вообще можете по польским сайтам полазить и самостоятельно поискать жилье, при этом просто писать письма (с одинаковым содержанием) всем и спрашивать о жилье (свободно ли оно на Вашу дату и каким образом бронировать, с предоплатой или без нее).
Краков- прекраснейший город, в нем какая-то необыкновенная атмосфера, чувствуешь себя как дома, но только жутко свободным и счастливым

По основным достопримечательностям можно перемещаться пешком, все находится довольно-таки близко.
На счет парковки- мы приехали на автобусе, так он припарковался сначала не доезжая до центра города(((
Судя по Гданьску, парковка в центре платная только в будние дни с 8 утра до 19 вечера...