Иисус хотя и отвергал предположения, что он является перевоплощением одного из этих пророков, но не отвергал саму мысль о перевоплощении. Напротив, Матфей свидетельствует, что Иисус подтвердил, что Иоанн Креститель являлся новым воплощением Илии (Матф. 11:11-14 и 17:10-13)
Я так понимаю, у Церкви есть альтернативное объяснение. Каждый пророк оставлял после себя духовное потомство, учеников. Дело их жило и духовное преемство переходило от одного пророка к другому. От ветхозаветного Илии до Иоанна Крестителя, который стал последним пророком и первым апостолом.
12. От дней же Иоанна Крестителя доныне Царство Небесное силою берется, и употребляющие усилие восхищают его,
13. ибо все пророки и закон прорекли до Иоанна.
Согласитесь, вечная награда или вечное наказание выглядит несправедливым воздаянием за один кратковременный испытательный срок на земле.
Ну, согласно христианскому учению, я так полагаю, это не нам решать.

Кстати, тот же Ориген, хорошенько подумав, решил, что идея о реинкарнации не согласуется с постулатом о предстоящем конце мира.