Действительно, первый пост смахивает на "Вася Пупкин и линукс. Ч1 Хроники установки Васей Линукса."
1)Куда линух устанавливает пакеты?
2)Можно ли сохранять скачанные пакеты?
3) Что можно толковое почитать из книг? ссылочки если не тяжело подкинуть.
4)как зайти в систему под рутом?
5)как сделать чтобы линух увидел флэшку?
6)может кто настраивал уже интернет атланта для домсетей?
1. Куда угодно, точнее - везде. Читайте в гугле "структура каталогов в линуксе". К примеру, в /etc - настройки, в /usr или /opt - остальные файлы, в */bin - выполняемые.
2. Думаю они сохраняются сами, куда - зависит от настроек менеджера пакетов. Читайте документацию к менеджеру пакетов.
3. Ищите красную книгу по администрированию unix. Для более поверхностного изучения воспользуйтесь Linux in the nutshell или чем-то подобным.
4. Из иксов (окошек) - никак. Оно вам и не надо. Можете выполнить любую команду с правами рута или другого пользователя используя команду sudo (если работаете в командной строке). В иксах у вас спросят пароль рута если выполнение команды требует его.
Ну и вопросы для поиска "howto сделать это, сделать то" в гугле и на сайте вашего дистрибутива:
5. подключить видеокамеру
6. может кто и настраивал, а что?
PS Помочь ответить на многие вопросы поможет документ "как правильно задавать вопросы". Ищите в гугле.